專利制度的核心內容是對專利權的保護。而對專利侵權行為的有效處罰,是加強對專利保護的基本一環。如果對專利侵權行為處罰不力,就不能狠狠打擊竊取他人成果、侵犯他人權益的非法活動,對社會也就起不到警戒作用。目前全國人大按照立法工作的計劃正在推進專利法、著作權法的修訂，兩部法律修訂草案都在征求意見，楊元慶建議在這次修訂中把懲罰性的賠償制度、由敗訴方承擔維權成本等條款納入其中。
       關于完善知識產權立法和執法的工作，楊元慶提出建議。作為高科技企業，我們現在最大的感覺是對侵權行為的處罰力度比較弱，侵權成本低的情況仍然比較突出。楊元慶引用調研數據說，據報道，我國97%以上的專利、商標侵權案和79%以上的著作權侵權案，平均的賠償數額分別僅為8萬元、7萬元和1.5萬元，而2015年用美國專利訴訟的中位數來說，就高達一千萬美元。楊元慶提到北京市的著作權類案件平均單個案件只有1.9萬元的賠償金額，商標侵權的單個案件是8.4萬元。
        中央辦公廳和國務院辦公廳聯合發布了關于加強知識產權審判領域改革創新若干問題的意見，強調加大對知識產權侵權違法行為的懲治力度，對于具有重復侵權、惡意侵權，以及其他嚴重侵權情節的要加大賠償力度，提高賠償數額，由敗訴方承擔侵權成本，實現對知識產權嚴格保護的歷史性轉變。楊元慶建議人大在知識產權法律法規的修訂過程中進一步強化對知識產權侵權行為的懲罰力度，把相關精神轉化為法律法規。